Методом получения знания является для Бэкона не «словесная» логика (прежде всего формальная логика Аристотеля) или «слово Христа», а только конкретный эмпирический, опытный метод – Индукция. Он считал, что Бог является творцом всех «форм», но только божественные сущности могут воспринимать эти формы непосредственно и изначально. Человек не обладает подобной возможностью, и ему, по природе его, для того, чтобы познавать мир, необходимо идти вначале путём отрицания (разложение фактов опыта на составляющие и устранение лишних деталей), и только, в последующем, перейти к утверждению, знанию.

Под индукцией он понимает исследовательский процесс, протекающий от частного факта к общему выводу через ступени наблюдения, сравнения, эксперимента, анализа, классификации. Основываясь на данной методологии, он высказывает свой знаменитый тезис - «Нет ничего в разуме, что не пришло бы через чувства». В интерпретации Бэкона Индукция это Союз опыта и разума. Поэтому обобщение фактов это не просто их суммирование по классификационным признакам, а, прежде всего, Получение «чистых» понятий (аксиом), которые показывали бы основные признаки, связи объекта и исключали (Элиминировали) «сторонние» признаки. Индукция приводит нас к гипотезе (научному предположению), открывающей путь дедукции и последующему продолжению эксперимента на основе аксиоматических понятий. Метод индукция Бэкона, таким образом, не строится на абсолютизации опытных данных. Эмпирика выступает необходимым элементом сложного элиминирующего познания, связывающая исследователя с природой, и позволяющая проводить процессы выделения из гипотезы основных факторов, проверять их истинность, и, отталкиваясь от полученного знания, продолжать конкретное изучение мира посредством эксперимента. Исходя из подобных методологических положений, Бэкон, отрицая «догматиков слова», не соглашался и с наукой построенной на одностороннем эмпиризме. Он говорил, что: «Эмпирики, как Муравьи, собирают и потребляют. Рационалисты, как Пауки, ткут паутину из самих себя. Средний путь — это путь Пчел, которые добывают пыльцу с садовых и полевых цветов и превращают ее в мед, насколько достает способностей. В работе истинного философа важна не только сила разума; сырьё, извлекаемое из естественной истории и механических экспериментов, - не самоцель, и должно перерабатываться интеллектом. Так наша надежда базируется на все более тесном и прочном союзе опыта и ума».

Для проведения опыта Бэкон предлагает специальные технические методы или «Прерогативные инстанции». Например, «Метод креста»: «если разные причины соперничают, образуют перекрёстные противоречия, то посредством эксперимента следует исключить то, что не образует прочную связь с явлением». Также Бэконом была предложена структура индукции, состоящая из «Таблиц открытия»: 1) таблица присутствия (позитивная инстанция) – сбор достаточного количества разнообразных случаев явления, причины которого мы ищем; 2) таблица отсутствия (негативная инстанция) – поиск случаев, по возможности, максимально подобных предыдущим, в которых это явление отсутствует; 3) таблица степеней или сравнений – случаи, в которых наблюдается изменения интенсивности этого явления; 4) этап сравнения полученных данных, что позволяет исключить посторонние факторы, не присущие явлению и на основе главных признаков выявить причину, сущность феномена.